Jezioro to zamieszkują w ogromnej większości gatunki endemiczne, tzn. takie, których nigdzie indziej w naturze nie spotkamy.

W przeciwieństwie do Malawi tylko niektóre z nich są gębaczami (pyszczakami).

Najbardziej znane akwarystycznie rodzaje ryb z Tanganiki:

Altolamprologus (szczelinowce)
Chalinochromis (naskalniki)
Cyphotilapia (są gębaczami)
Cyprichromis (są gębaczami)
Julidochromis (naskalniki)
Lamprologus (muszlowce, szczelinowce)
Neolamprologus (księżniczki, szczelinowce, muszlowce)
Tropheus (są gębaczami)
Synodontis (sumy)


(Wkrótce lista będzie uzupełniona)